Beyond Compare 3 及更高版本的 Linux 安裝指南，支援多種發行版。
雙擊 .deb 套件，使用圖形套件管理器進行安裝。
wget https://www.scootersoftware.com/files/bcompare-5.1.7.31736_amd64.deb
sudo apt update
sudo apt install ./bcompare-5.1.7.31736_amd64.deb
sudo apt remove bcompare
安裝 Beyond Compare 的 .deb 套件會將 Scooter Software 軟體源新增到您的系統，以便自動更新軟體。要阻止新增軟體源，請在安裝 .deb 之前建立一個空的 /etc/default/bcompare 檔案。
sudo touch /etc/default/bcompare
sudo apt install ./bcompare-5.1.7.31736_amd64.deb
wget https://www.scootersoftware.com/DEB-GPG-KEY-scootersoftware.asc
sudo cp DEB-GPG-KEY-scootersoftware.asc /etc/apt/trusted.gpg.d/
wget https://www.scootersoftware.com/scootersoftware.list
sudo cp scootersoftware.list /etc/apt/sources.list.d/
sudo apt update
雙擊 .rpm 套件，使用圖形套件管理器進行安裝。
wget https://www.scootersoftware.com/files/bcompare-5.1.7.31736.x86_64.rpm
sudo dnf install bcompare-5.1.7.31736.x86_64.rpm
wget https://www.scootersoftware.com/files/bcompare-5.1.7.31736.x86_64.rpm
sudo dnf install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-10.noarch.rpm
/usr/bin/crb enable
dnf install bcompare-5.1.7.31736.x86_64.rpm
RHEL 10 需要安裝 EPEL 儲存庫才能安裝 Beyond Compare 5。
sudo dnf remove bcompare
安裝 Beyond Compare 的 .rpm 套件會將 Scooter Software 軟體源新增到您的系統，以便自動更新軟體。要阻止新增軟體源，請在安裝 .rpm 之前建立一個空的 /etc/default/bcompare 檔案。
sudo touch /etc/default/bcompare
dnf install bcompare-5.1.7.31736.x86_64.rpm
wget https://www.scootersoftware.com/scootersoftware.repo
sudo cp scootersoftware.repo /etc/yum.repos.d/
由於缺少 gvfs-smb 相依性，Beyond Compare 在 openSUSE 上不支援 SMB 網路磁碟機。在 RPM 安裝過程中提示缺少相依性時，選擇選項 2 以在沒有網路磁碟機支援的情況下安裝。
sudo rpm --import https://www.scootersoftware.com/RPM-GPG-KEY-scootersoftware
zypper refresh
zypper install https://www.scootersoftware.com/files/bcompare-5.1.7.31736.x86_64.rpm
# 当提示缺少依赖时，选择选项 2：
# Problem: nothing provides 'gvfs-smb' needed by bcompare
# Solution 1: do not install bcompare
# Solution 2: break bcompare by ignoring some of its dependencies
# Choose from above solutions by number [1/2/c]: 2
sudo zypper remove bcompare
如果以 root 身分執行 .tar.gz 安裝程式，Beyond Compare 將安裝到系統範圍。如果以一般使用者身分執行，則安裝到目前使用者的主目錄。
tar zxvf bcompare-5.1.7.31736.x86_64.tar.gz
cd bcompare-5.1.7.31736
./install.sh
$HOME/lib/beyondcompare/uninstall.sh
sudo /usr/lib/beyondcompare/uninstall.sh